Biokaasun käsittely- tai fermentointiyksiköistä poistettu kaasu voi olla voimakkaasti saastunutta vaahtopartikkeleista, erilaisista hiukkasista ja vesihöyrystä. Kaasun esisuodatus (joka on usein riittävä) voidaan saavuttaa käyttämällä ennox-hiekka- suodatinta.
Kaasu virtaa ennox-hiekka-suodatinkerroksen läpi, jossa suuret hiukkaset ja vesihöyry jäävät taakse. Vesi kerääntyy suodattimen pohjalle, josta se voidaan tyhjentää siphon-kokoonpanolla.
Raskaasti saastuneen hiekka-suodattimen jälkeen suihkuyksikköä voidaan käyttää huuhteluun, jolloin kaasutuslaitteen avaamista ei tarvita. Vaihtoehtoisesti voidaan asentaa hiekka-poistoreikä.
Biokaasu voi sisältää suuria määriä myrkyllistä vetyä, riippuen käymisprosessista ja käytetyistä raaka-aineista. Tämä kaasu voi aiheuttaa pysyvää vahinkoa kaasumoottoreille tai muille biokaasun käyttäjille.
Suurin osa vetykaasusta voidaan tehokkaasti poistaa käyttämällä ennox-aktiivihiilisuodatinta (ACF).
Lisäksi aktiivihiilisuodatinta voidaan käyttää vahingollisten siloksaanien poistamiseen biokaasusta, sekä epämiellyttävien hajujen neutraloimiseen poistuvassa ilmassa ja säiliöissä.