Perinteisesti kloonivalinta perustui geneettisen merkkiaineen (esim. sininen ja valkoinen seulonta, joka perustuu LacZ-geenin häiriöön) häiriöön, ja plasmidin säilyminen perustui antibioottiresistenssigeeneihin. Valikoimamoduuleja hyödyntävien vektorien kehittäminen kiertää nämä ongelmat ja mahdollistaa vain inserttejä sisältävien plasmidien kantavien bakteerien kasvun. Tyypillisesti näissä järjestelmissä käytettävät vektorit ilmentävät geeniainetta, joka on tappavaa tietyille bakteerikannoille. Tappava geeni inaktivoidaan vieraan DNA-segmentin insertoinnilla, jolloin toksisuus poistuu. Tehokkain tekninen ratkaisu on edelleen bakteerien tappaminen, jotka kantavat insertittömiä vektoreita, tai rekombinanttivektoria kantavien bakteerien valinta, niin sanottu positiivinen valinta. Delphi Geneticsin kehittämä ccdB-teknologia on osoittautunut onnistuneeksi lähestymistavaksi positiivisten valintavectorien rakentamisessa.